Entre niveaux déconcentrés et décentralisés
Les corregidores (Cantons) sont subordonnés aux sous-préfets (Provinces), lesquels sont subordonnés aux préfets (Départements) qui étaient nommés, jusqu'à 2005, par le Président de la République. Les Préfets sont désormais élus mais sont toujours chargés de nommer les Corregidores et Sous-Préfets. Cette situation est amenée à changer avec la nouvelle Constitution.
Les Maires-adjoints des districts municipaux sont subordonnés aux Maires.
Les agents municipaux des cantons sont soumis aux municipalités.
Il n'existe pas de "hiérarchie" entre le canton et le district municipal, ces derniers pouvant se juxtaposer.
Entre l'Etat et les niveaux décentralisés
Le Président de la République détenait auparavant un fort pouvoir de contrôle qui s’étendait jusqu’à l’unité administrative la plus petite. Aujourd'hui ce lien de subordination n'existe plus pour les municipalités, mais est toujours présent au niveau intermédiaire départemental, d'autant plus que l'assemblée représentative de cet échelon (conseil départemental) est assez faible. Ceci s'explique par le fait que les Préfets élus sont toujours responsables d'administrer et d'éxecuter les politiques et le budget du Gouvernement central déconcentré au niveau départemental. Les départements n'ont pas le statut d'"autonomie" accordé aux municipalités dans la Constitution. Ils n'ont pas de ressources propres et sont par conséquent très dépendants des ressources transférées par l'Etat.
Organismes centraux et instances de coordination
Au niveau central, il existe un secrétaire d’État à la participation populaire et au renforcement municipal, qui traite essentiellment des questions liées au développement communautaire.
D’autres organismes centraux jouent un rôle important, notamment dans le développement économique :
- Secrétariat d’état du développement rural,
- Fonds national d’investissement productif et social (FPS), qui attribue des fonds aux municipalités pour lutter contre la pauvreté,
- Fonds national de développement régional (FNDR), qui offre des crédits aux préfectures et municipalités.
En ce qui concerne les instances de coordination interinstitutionnelle :
- Au niveau départemental, les Comités départementaux d’approbation du FPS sont chargés de répartir les transferts issus du FPS.
- Au niveau local, des Conseils de développement productif, économique et social réunissent des représentants des secteurs productif, social et environnemental. D'autre part, des Comités de vigilance sont chargés de contrôler les actes municipaux liés aux Fonds de Participation Populaire qui sont transférés par le Gouvernement central.
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